Cookie-urile NU sunt viruși! Ele folosesc formate tip plain text. Nu sunt alcătuite din bucăți de cod așa că nu pot fi executate, nici nu pot auto-rula. În consecință, nu se pot duplica sau replica pe alte rețele pentru a se rula sau replica din nou. Deoarece nu pot îndeplini aceste funcții, nu pot fi considerate viruși.

Cookie-urile pot fi totuși folosite pentru scopuri negative. Deoarece stochează informații despre preferințele și istoricul de navigare al utilizatorilor, atât pe un anume site cât și pe mai multe alte site-uri, cookie-urile pot fi folosite ca o formă de Spyware.

Multe produse anti-spyware sunt conștiente de acest fapt și în mod constant marchează cookie-urile pentru a fi șterse în cadrul procedurilor de ștergere/scanare anti-virus/anti-spyware.

În general browser-ele au integrate setări de confidențialitate care furnizează diferite nivele de acceptare a cookie-urilor, perioada de valabilitate și ștergere automată după ce utilizatorul a vizitat un anumit site.